Il metodo migliore e più sicuro per fare il backup del tuo database MySQL è via shell, utilizzando il comando mysqldump. Questo sistema ti garantisce un backup completo e rapido del tuo database senza possibilità di perdere dati o malfunzionamenti. Puoi utilizzare cron per creare un backup automatizzato sul tuo server linux.

Per prima cosa connettiti via shell al tuo server linux, puoi utilizzare il seguente comando:
ssh -u USERNAME HOSTNAME PORT
Ora per fare il backup del tuo database usa il seguente comando:
mysqldump -u USERNAME DATABASE_NAME > NAME_OF_THE_FILE.sql -p
Per ripristinare un backup via shell puoi usare il comando:
mysql -u USERNAME DATABASE_NAME < NAME_OF_THE_FILE.sql -p